Los orígenes del Fondo Nestlé para la Nutrición se remontan en 1990, cuando la Fundación Mexicana para la Salud FUNSALUD identificó a la nutrición como un campo prioritario de acción en México a partir de dos actividades.
La primera actividad se realizó en 1989 y consistió en analizar el estado del arte de la investigación en nutrición en México a fin de identificar los principales grupos de trabajo y los estudios publicados entre 1989 y 1992. El resultado de esta investigación culminó en la organización de un Grupo Colaborativo de Investigadores para impulsar la investigación multidisciplinaria en nutrición.
La segunda actividad se enfocó en discutir la importancia de impulsar la enseñanza de la nutrición en las escuelas y facultades de medicina del país. En 1990 el Consejo Asesor en Nutrición del Adulto de Nestlé, Suiza, (ABAN, por sus siglas en inglés) hizo hincapié en la debilidad de la formación del médico en nutrición. A partir de esta reunión, surge la iniciativa del Sr. José Represas, miembro de ABAN, de proponer a FUNSALUD un plan de acción tendiente a modificar esta situación.
En 1990, FUNSALUD obtuvo un donativo de The Pew Charitable Trusts de Filadelfia para llevar a cabo las primeras acciones de dicho plan, que consistieron en el diagnóstico de la enseñanza de la nutrición en las escuelas y facultades de medicina afiliadas a la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina (AMFEM); el diseño de un currículum para la enseñanza de la materia y la preparación de la primera edición de la obra Nutriología Médica. La continuidad de estas actividades fue posible gracias al impulso de la Compañía Nestlé de Suiza, que otorgó a FUNSALUD un donativo para la creación del Fondo Nestlé para la Nutrición (FNN) en noviembre de 1992.
Desde esta fecha el FNN ha desarrollado diversas actividades a favor de la nutrición en México. A partir de 1997 Nestlé México, S.A. de C.V. patrocina íntegramente el FNN mediante un donativo irrestricto a FUNSALUD. A veintinueve años de su creación, el FNN ha tenido la misión de generar y aplicar conocimientos para el desarrollo de políticas que contribuyan al mejoramiento de la calidad de vida de los mexicanos.